Думаю,имеет смысл познакомится со средствами коммуникаций между параллельными циклами.1. Может быть я вас не так понял, скриншот прилагаю.
Вам рекомендуют архитектуру приложения,типа Producer/Consumer. В качестве буфера можно использовать очередь либо сдвиговый регистр(на сколько можно,думаю коллега Andrew Lunev, меня поправит).Алгоритм такой: собирайте данные в одном цикле,копите собранные данные во втором цикле, а в третьем пишите в файл.
http://www.ni.com/white-paper/3023/en/
http://www.uio.no/studier/emner/matnat/ ... g%20II.pdf